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《通知》规定，自2000年7月1日新版药典执行之日起，与《中国药典》2000年版同品种的原国家或省、自治区、直辖市药品标准停止执行。2000年7月1日前生产的药品，仍按原标准进行检验。1995年版曾收载的品种标准，在国家药品监督管理局未作出明确规定之前，仍属国家标准，暂按原标准执行。
根据《通知》，自执行之日起所生产的药典品种，其新印刷的药品标签及使用说明书必须注明《中国药典》2000年版规定的药品通用名称。对于已作修订的原国家或省、自治区、直辖市药品标准名称，可附注作为曾用名过渡使用。曾用名自2005年1月1日起停止使用。执行之日前印刷的药品标签及使用说明书可延长使用至2000年底。
《通知》同时要求各省、自治区、直辖市药品监督管理部门要对《中国药典》2000年版执行情况进行监督管理。对于生产《中国药典》2000年版所收载品种的生产企业，应要求其核查生产工艺，提供产品是否有药典规定外杂质的情况说明并予以审核。对于药品生产企业申请修改标签及使用说明书内容的，《中国药典》2000年版（一部）品种应按本版药典的有关规定审核；《中国药典》2000年版（二部）品种可参考国家药典委员会编写的《中华人民共和国药典（二部）临床用药须知》2000年版（该书星号标注及文献报道内容除外）所限定的内容进行审核。《中国药典》2000年版（二部）所收载品种的有效期按关于药品有药期及其规定执行。对于尚无有效期规定的品种，应要求该品种的生产企业参照《中国药典》2000年版（二部）收载的药物稳定性指导原则的有关要求抓紧进行考核工作，提出申请，报省、自治区、直辖市药品监督管理部门核准并报国家药典委员会备案。
《中国药典》2000年版实施期间，各执行单位不得自行改动标准。实施过程中，凡对药典标准提出一般性的技术意见，由省、自治区、直辖市药品监督管理部门报国家药典委员会核准。凡对药典标准提出涉及药品质量检查限度等重大改动意见，由省、自治区、直辖市药品监督管理部门初审后，经国家药典委员会复审，报国家药品监督管理局批准。国家药品监督管理局将本着鼓励技术创新和技术进步，倡导不断优化生产工艺、提高药品质量；支持药品生产企业、评审机构结合实际情况，本着积极、合理、有意义的提高《中国药典》2000年版品种标准的原则，促成药典委员会根据情况及时总结考察《中国药典》2000年版品种标准执行状况，适时修订、提高品种标准。
