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1.本刊采用浅标引。即只标引文章所研究和讨论的重要内容，仅在研究方法中提及的手段(未作研究和讨论的主体)不予标引。论著类稿一般每篇标引2～5个关键词，请尽可能选用中国医学科学院情报研究所从《医学索引(Medicusindex)》节译出版的《医学主题词注释字顺表(1992年版，英汉对照)》的主题词表(MeSH)中所列的词。在MeSH中找到的词并非均可列作主题词，因为主题词标引还要考虑副主题词问题。副主题词是表达主题词各个方面情况之词。以疾病为例，它有36个副主题词来表达其36个方面的情况(如病因学、病理生理学、流行病学、诊断、治疗……)。例如一篇题为《××市儿童结核流行病学调查报告》的文章。其中的“儿童结核”和“流行病学”在MeSH中均可找到，但此文只列“儿童结核”一个主题词即可，“流行病学”是“儿童结核”的一个方面，不宜作为主题词列出。只在论及这些词本身即不属于任何事物的一个方面时才作为主题词列出。
2.在MeSH中找不到相应的专指主题词时，处理办法有：(1)联想有关同义词或关联词，例如“自来水”一词在MeSH中无，其中有“给水”和“水”两个关联词。此时可用“给水”代之，而不用广义的“水”。(2)选用最直接的上位词。如“五硫化物”(MeSH中无)可标“硫化物类”(MeSH有)。(3)无专指的血管，神经、手术名称时，可用器官或部位分别与“/血液供给”、“/神经支配”、“/手术疗法”组配，如胃动脉(MeSH中无)可标“胃/血液供给”。(4)可用直接相关的两个或以上的主题词组配，如“食管异物”(MeSH中无)可分别列“食管”和“异物”两个词。(5)上述方法均无法标引时可用适当的自由词，但要慎选已被广泛接受的词。
3.肿瘤的标引。肿瘤(Neoplasm)包括癌(Cancer)、瘤(Tumor)和囊肿(Cyst)。对肿瘤有两种表达方法：一种是按发病部位，如肺肿瘤，胃肿瘤等。一种是按组织类型，如腺癌；癌，鳞状细胞等。因此，对肿瘤文章尽可能标引两个主题词，分别表明发生部位和组织类型，如“胃腺癌”需标“胃肿瘤”和“腺癌”。
4.缩写词一般应按MeSH还原为全称，如“HBsAg”标引为乙型肝炎表面抗原。
5.列关键词时，各词之间空二格，以使倒装的词汇(如“结核，肺”)与顺装词汇明显地分开。英文关键词每个词第一个字母要大写。
