材料和方法
1K562白血病细胞株本校免疫教研室惠赠。
2引物端粒酶底物引物(Telomerase Substrate, TS):5′-AATCCGTCGAGCAGAGTT-3′;下游CX引物:5′-CCCTTACCCTTACCCTTACCCTAA-3′(美国赛百盛公司合成)。
3主要试剂 N-2-羟乙基哌嗪-N′-2-乙磺酸(HEPES)、4-(2-氨乙基)苯磺酰氟( aEBSF) 、3-[(3-胆酰胺丙基)-二乙铵]-丙磺酸(CHAPS)、T4基因32蛋白和Taq酶购自Boehringer mannheim公司。SYBR Green Ⅰ购自FMC 公司。pBR322/HaeⅢ和dNTPs购自华美公司。
4K562细胞的培养、裂解和端粒酶液的制备K562细胞于RPMI1640培养液中(加10%小牛血清,37℃、5%CO2)培养。收集K562细胞后离心5分钟(1?000×g),沉淀用PBS洗涤两次。调整细胞为3.5×106,台盼蓝染色示活细胞大于95%。将K562细胞重悬于预冷的清洗缓冲液中(10mmol/L hEPES,pH7.5;1.5 mmol/L MgCl2,10 mmol/L KCl,1 mmol/L二硫苏糖醇),离心2分钟(4℃,1?000×g)。再将细胞重悬于200μl预冷的裂解缓冲液中(10mmol/L tris-HCl, pH 7.5;1mmol/L MgCl2 ,1mmol/L 乙二醇双(2-氨基乙醚)四乙酸(EGTA),0.1mmol/L AEBSF,5mmol/L β-巯基乙醇,0.5% CHAPS, 10%甘油)。充分混匀后,置冰上孵育30分钟,然后于4℃离心30分钟(16?000×g)。迅速取出上清,于液氮中快速冻存。部分细胞提取液采用Folin-酚试剂法测定蛋白水平,总蛋白浓度为3.5mg/ml。
5TRAP反应
5.1标准反应条件:聚合酶链反应(PCR)总体积50μl,包括20mmol/L tris-HCl, pH8.3;1.5mmol/L MgCl2, 63mmol/L KCl, 1mmol/L EGTA, 0.05%吐温-20, 0.01%牛血清白蛋白, 1μg T4基因32蛋白,Taq酶2U,100μmol/L dNTPs, 0.1μg TS引物、0.1μg CX引物和2μl K562细胞提取液。充分混匀并短暂离心后,于23℃孵育30分钟, 然后于90℃首先作用90秒, 最后开始35次PCR循环。循环条件为94℃30秒;50℃30秒; 72℃45秒,最后保温3分钟后终止反应。
5.2TRAP的特异性:在标准条件下以及分别未加引物、底物、Taq酶和细胞提取液,并对细胞提取液完成各种预处理措施后,进行TRAP反应。预处理措施包括:①RNase a 预处理:每微升细胞提取液中加入 RNase A 0.1μg, 于37℃孵育1小时;②加热预处理:85℃加热10分钟;③蛋白酶K预处理:每μl细胞提取液中加入蛋白酶K 0.3μg, 于37℃孵育30分钟。
5.3TRAP的敏感性:将K562细胞提取液分别10,100,1?000倍稀释后,各取2μl于标准反应体系中。
5.4TRAP的最适反应条件:①标准反应条件下, PCR总循环次数分别为10,20,25,30和35次;②标准反应条件下,底物浓度分别为50,100和150 μmol/L;③标准反应条件下,端粒酶介导的TS链延长反应的孵育时间分别为5,10,20和30分钟。
6非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳TRAP扩增产物于12%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,恒压10~15V/cm, DNA分子量标准为pBR322/HaeⅢ。
7凝胶的染色SYBR GreenⅠ 染色: SYBR Green Ⅰ浓缩液用1×TBE稀释10?000倍后染色30分钟。同时采用溴化已锭和银染色[1]作对比。
8凝胶的成像分析利用UVP公司的凝胶成像分析仪GDS-8000,采用GRAB-IT和GEL wORKS软件对凝胶进行成像分析,先求出每一条带的峰面积(volume),得出每一泳道(lane)峰面积的总和,并扣除阴性对照的背景值,即为每一标本的端粒酶活性。
结果
1TRAP的特异性在分别未加引物、底物、Taq酶和端粒酶液,并对酶液进行各种预处理措施后行TRAP反应,均无阳性结果。而K562细胞提取液及其10倍稀释液在标准条件均扩增出端粒酶特异性的相差6个核苷酸的DNA梯带。
2TRAP的敏感性K562细胞提取液分别10、100和 1?000倍稀释后行TRAP反应,其相对端粒酶活性分别为K562未稀释液的148%、35%和10%。
3TRAP的最适反应条件10个循环的TRAP产物不能被 SYBR Green I检出,而35个循环的产物量最多;底物浓度100μmol/L时TRAP产量最多;TS链延长反应的孵育时间从5分钟~30分钟均可扩增出端粒酶特异性的DNA条带,但30分钟条件下的产量最多,尤以小分子量的DNA产物为著(见附图)。
1和15:DNA分子量标准,为pBR322/HaeⅢ;2~6:10,20,25,30和35个PCR循环次数;7~9:50,100和150μmol/L的底物浓度;10~13:孵育时间为5,10,20和30分钟;14:阴性对照
附图TRAP方法的最适反应条件
4不同染色方法的比较EB染色无法检出TRAP扩增产物。银染方法的检测灵敏度低于SYBR green Ⅰ,而且背景较差。 SYBR Green I 染色后DNA产物具有条带显著、背景清晰的特点,并可检出低至20ng的pBR322/HaeⅢ,但以大分子量的DNA片段明显。
讨论
尽管TRAP方法目前被广泛用于端粒酶活性的检测,但仍存在许多有待改进和完善之处。TRAP方法本身无法对端粒酶活性作定量分析,一般仅能根据细胞提取液的蛋白含量或细胞数进行半定量分析,而且TRAP对端粒酶活性的检测尚处于细胞群而非单细胞水平。
本文特异性实验结果表明, TRAP扩增产物必须依赖于引物、底物、Taq酶和端粒酶液的共存,标准反应条件下, 端粒酶首先介导的TS引物的链延长产物作为PCR扩增的模板,扩增出的相差6个核苷酸的DNA产物,真实反映了端粒酶的活性。因此,TRAP方法是检测端粒酶活性的特异方法。
K562细胞提取液10倍稀释后的相对端粒酶活性为K562未稀释液的148%,可能是由于较高蛋白含量的细胞提取液中存在Taq酶抑制物,使TRAP扩增产量降低,甚至出现假阴性的结果。国外文献也有了相同报道[2]。本文结果表明35个总循环次数是TRAP比较适宜的反应条件。
银染方法虽然也可检出端粒酶特异性的DNA条带,但由于细胞提取液和PCR缓冲液中均含有蛋白质,因此条带间的背景较差,无法对端粒酶活性作半定量分析和比较。
SYBR GreenⅠ 是一种对双链DNA有高度亲和力的荧光染料。在300nm波长的紫外光透射下,其检测低限可达60pg的双链DNA, 其敏感性较 EB高25~100倍,尤其适用于低拷贝基因的PCR扩增产物的检测。较之同位素标记和放射自显影方法,方便安全。SYBR green I对TRAP扩增产物的检测具有条带显著、背景清晰的优点,是一种简便快速的染色方法。
TRAP方法对端粒酶活性的检测,要求制备端粒酶液的细胞或组织标本中含有生物活性的端粒酶,更由于端粒酶本身特殊的化学组成和对RNA酶的高度敏感性,因此,在整个TRAP操作过程中应严格避免端粒酶被RNA酶降解,以防出现假阴性结果。而我们建立的TRAP方法具有快速、简便、特异性强、敏感性高等优点,同时无放射性同位素标记及相应的放射自显影,适用于临床检测端粒酶的活性。
本课题受国家自然科学基金(3967076)资助
参 考 文 献
1Bassam BJ, Caetano-Anolles G,Gressoff PM. Fast and sensitive silver staining of DNA in polyacrylamide gels. Anal Biochem,1991,196:80-83.
2Wright WE, Shay JW, Piatyszek MA. Modification of a telomeric amplification protocol.(TRAP) result in increased reliability,linearity and sensitivity. Nucl Acid Res,1995,23:3794-3795.
(收稿:1997-12-08修回:1998-06-19)
(校对:张吉贤)
