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我国迪谢内肌营养不良分子遗传学研究概况

2022-07-29
来源:求医网
中华神经科杂志

CHINESE JOURNAL OF NEUROLOGY

1999年第32卷第3期Vol.32No.31999

张成潘速跃 刘焯霖

关键词:迪谢内肌营养不良(DMD) 基因 遗传

迪谢内肌营养不良(DMD)是一种常见的致死性神经肌肉系统X连锁隐性遗传病,发病率为活产男婴的1/3 500。患者一般3~5岁发病,主要表现为全身骨骼肌进行性无力、萎缩和小腿腓肠肌假性肥大,随着病情加重,20岁左右因呼吸衰竭死亡,迄今无有效的治疗方法。1987年Kunkel等将该基因cDNA克隆,继之测序及确定其蛋白产物,为DMD的研究开创了新纪元。我国自1987年开始对DMD的分子遗传学进行了研究,在基因结构、基因产物的分析和基因诊断等方面取得了一定的成果,现简述如下。

一、基因结构的研究

1. 基因全顺序的人工酵母染色体(YAC)克隆:柴建华等[1]用DMD cDNA探针从YAC文库中筛选出5个YAC克隆,经用HindⅢ酶切和DNA印迹杂交分析,确定各YAC克隆相互部分重叠,并包含从5′至3′端基因的完整顺序,其基因组长度大约为2 500 kb。

2. 大尺度限制性酶图谱研究:绘制了上述5个YAC克隆DNA的Mlu Ⅰ、Cla Ⅰ和Sfi Ⅰ酶切图谱[2]。在1~48号外显子1 380 kb的区域中,有7个Mlu Ⅰ 切点,3个Cla Ⅰ 切点。从5′到3′端,Mlu Ⅰ片段的排列是400 kb、240 kb、50 kb、280 kb、120 kb、80 kb,Cla Ⅰ片段的排列是250 kb、300 kb, Sfi Ⅰ的酶切图谱与国外报道的相似。余龙等[3]研究了抗肌萎缩蛋白基因3′端的分子结构,在该基因的3′末端发现了一个新的725 kb Sfi Ⅰ片段;用DMD cDNA9~14片段制备了16个相邻部分重叠的亚探针,系统地研究了该基因3′端Hind Ⅲ片段的数目和排序,证明了3′末端的Sfi Ⅰ/IJ片段至少含17个Hind Ⅲ片段或19个外显子。魏勇等[4]应用Alu-PCR指纹技术发现了两个YAC克隆构成了包含DXS166位点的重叠群,这一发现使得以上YAC重叠群至少延伸至DXS166位点,形成了1个跨度为3.5 Mb的YAC重叠群。

3. 精细限制酶图谱及外显子的定位[5]:用DMD cDNA8探针,从人X染色体噬菌体文库中筛选出目的克隆。将该克隆DNA用Eco RⅠ、Hind Ⅲ和Kpn Ⅰ部分酶切,λ噬菌体左右臂探针杂交,首次绘制抗肌萎缩蛋白基因在51外显子及其两侧的精细限制酶图谱。在13 kb的插入片段中,有3个Kpn切点,4个Eco RⅠ切点,5个Hind Ⅲ切点。根据Kpn Ⅰ酶切位点的位置,将51号外显子准确定位于3.1 kb Hind Ⅲ片段的中央。

4. 50号和51号外显子的克隆和测序[6,7]:将该Hind Ⅲ片段经限制酶完全酶切后亚克隆于pUC118中, 所获得的亚克隆进行全序列测序。结果发现,50和51号内含子AT含量高达70%以上,呈聚集性分布,并存在有36个n为5~20的短串联重复序列,22个正向和反向重复序列,和8个同源序列。

5. DNA缺失的可能机制[8]:根据50、51号内含子结构的以上特点,我们首次提出不同内含子中AT富集区的重复顺序与DNA缺失有关。为验证以上观点,分析了另一缺失热点(44号内含子)254 bp的序列特点,结果发现,该内含子AT含量为63.6%,与50号内含子和51号内含子均存在重复顺序,以上结果支持我们的观点。由于发生重组的同源顺序的位置,决定了缺失断裂点的部位,这就很好地解释了为什么缺失断裂点并不固定于某一特定的序列,为什么缺失范围大小不一。

二、 基因诊断

目前我国许多单位均已开展了基因诊断,进行DMD患者、携带者检测和产前诊断。最早开展此项工作的是曾溢滔,他在运用RFLPs和PCR技术作基因诊断方面做了大量的工作。其他如DNA印迹杂交、定量PCR、RT-PCR等基因诊断方法亦得到了开展。

1. 患者的诊断:早期主要应用DNA印迹杂交法进行DMD基因诊断,该方法的检出率取决于所用的探针。以C7、87-15、87-30、87-8、87-1、X.J 1.1、X.J 2.3、J.Bir为探针可检出20%的DMD患者有缺失[9],cDNA1-2a、cDNA2b-3探针检出缺失率为20%[10],cDNA5b-7、8、9、10探针检出缺失率为48%[11],缺失主要集中在cDNA8探针所在部位。全序列cDNA探针检出缺失率为55%~65%。

DNA印迹杂交法由于耗时长、技术要求高,限制了它的应用。随着PCR技术的成熟,很快PCR技术就成为了诊断DMD的主要手段。PCR技术简单、快速,尤其是多重PCR,为缺失型DMD/BMD患者的诊断提供了一种很好的手段。Chamberlain等设计的9对引物可检测出80%的缺失患者;Beggs等增设了另9对引物,这18对引物可检测出98%的缺失患者。18对引物多重PCR检测在国内报道不多,杨军等[12]用18对引物检测了17例DMD患者,结果9例有缺失。高文英等[13]以18对引物检测了37例DMD/BMD,检出缺失患者19例。我国由于条件限制,大部分研究均采用二步9对引物多重PCR检测DMD/BMD患者。汪江等[14]用9对引物检测了134例DMD/BMD患者,检测阳性率为49.3%。据我们对274例国内资料分析,我国9对引物多重PCR的总检出率为47%。其中5对引物(12、17、45、48、51号外显子)的总检出率为46%,占9对引物检出率的96%。

对点突变的研究,由于DMD患者外显子多、点突变率低,国内仅王柠等[15]应用PCR-SSCP技术在17号外显子上发现1个由G向T的颠换。

另外,RT-PCR用于诊断缺失[16]和定量DNA印迹杂交技术[11]用于诊断重复,国内亦见有文献报道。

2. 携带者诊断: 最早主要是利用RFLP技术。曾溢滔等[9]以C7、87-15、87-30、87-8、87-1、X.J 1.1、X.J 2.3、J.Bir为探针发现95%携带者的RFLP是杂合的。陈凡等[17]利用754、pERT87-8、P20为探针在8个资料完整的DMD家系25名女性中确定11名为携带者。魏建军等[18]研究了9个DMD基因探针的多态频率,发现pERT87-7、X.J 2.3、X.J 1.1三探针组合可检出90%的女性出现多态位点。许顺斌等[19]利用PCR技术扩增5′和3′非翻译区两个CA重复序列,发现5′CA重复序列具有6种等位片段,频率为0.033~0.267,多态信息量(PIC) 0.75。3′CA重复序列有两种等位片段,频率为0.75、0.25,PIC 0.375。应用以上位点对非缺失型DMD家系进行连锁分析,诊断携带者1例。RFLP技术的优点是可对基因型不明确的DMD家系进行携带者和产前诊断,但存在以下缺点:(1) 技术难度相对较大,需要DNA样本量大,耗时长;(2) 虽然与PCR技术结合在一定程度上简化了RFLP技术,但RFLP技术需要完整的家系资料;(3) 有可能因染色体重组而造成误诊,由于抗肌萎缩蛋白基因的基因内重组率高达10%,因而其误诊率可能是不容忽视的。

定量DNA印迹杂交亦能用于检测携带者,但同样由于耗时长、技术难度大,很难普及推广。

我科于1996年开展直接定量PCR法检测缺失型DMD基因携带者,对4个缺失型DMD家系中的11名女性家属检测结果显示,6名女性为携带者[20]。直接定量PCR检测携带者敏感性高、快速、简便。但对照位点和缺失位点的引物之间不能有互相影响,首先必须确定对照位点和缺失位点扩增产物的产量在PCR对数扩增期是相等的或具有某一线性关系。

3. 产前诊断: 国内主要采用RFLP和PCR方法进行产前诊断。曾溢滔等[9]利用RFLP技术成功确定1例胎儿为DMD患者,1例女性胎儿为携带者,结果经流产或分娩验证。高百红等[21]利用PCR技术扩增pERT87-15区域DNA,经Xmn Ⅰ酶切,发现5个家系中2个可行产前诊断和携带者诊断。通过取胎儿绒毛组织或妊娠中期羊水细胞制备DNA,经PCR检测能对先证者为缺失型DMD患者的胎儿进行产前诊断。华小云等[22]对10名DMD高危胎儿以多重PCR进行产前诊断,结果7名男性胎儿中有3例为DMD患儿,3名女性胎儿中有1例为携带者,以上结果经出生后复检证实。吴元清等[23]以14对引物多重PCR方法对6例先证者为缺失型的高危胎儿进行产前诊断,结果发现4例为DMD患者。

三、 基因产物——抗肌萎缩蛋白(dystrophin)的研究

1. 抗肌萎缩蛋白的疏水结构[24]: 为了探讨DMD的发病机制,我们对抗肌萎缩蛋白进行了疏水性分析,首次发现在95~120,1 990~2010,2 438~2 493和3 150~3 300位氨基酸有疏水峰出现,其中第三个疏水峰的疏水性最强,位于缺失热区51外显子的编码区内,疏水氨基酸占54%,远较整个蛋白中疏水氨基酸的比例(26%)为高。

2.疏水结构与DMD/BMD的关系[25]: 为验证缺失热区疏水结构的重要性,我们分析了65例整码缺失DMD和136例整码缺失BMD患者,发现75%的整码缺失DMD患者丢失该疏水肽段,98%的BMD患者保留有该疏水肽段,提示该疏水肽段是抗肌萎缩蛋白的一个重要功能区,它的存在与否直接影响疾病的预后。Monaco曾提出“移码突变”导致DMD,整码缺失导致BMD。这一假设已广为接受,并受到了许多研究的验证,但有8%的例外。我们的发现是对以上假设很好的补充。

3. 蛋白的表达和抗体的制备: 抗肌萎缩蛋白基因的表达是DMD国际研究热点之一,对研究该蛋白的结构和功能,以及制备相应的抗体用于蛋白诊断均具有重要的意义。颜真等[26]将抗肌萎缩蛋白基因cDNA 5 824~7 007 bp基因<