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女性肛瘘多是一般化脓性感染所致，少数为特异性感染，如结核、克隆病，溃疡性结肠炎更少见。直肠肛管外伤继发感染也可形成肛瘘，直肠肛管恶性肿瘤也可溃破成瘘管，但都少见，与一般化脓性肛瘘有明显区别。
女性患上肛瘘后会非常痛苦，肛门处经常流脓，刺激周围皮肤，引起湿疹、瘙痒，伤口经久不愈合。有时外口封闭暂时自愈，但因脓液仍在里边积聚引起肿胀疼痛，待肿块破溃，脓液流出，痛即减轻。结核性的肛瘘，可有低烧、消瘦、食欲不振和盗汗等症状，因此，及时治疗肛瘘以及肛瘘的护理工作至关重要。
女性肛瘘的发生多数是因为肛周脓肿，经过切开引流或自行破溃后，由于脓液或粪便仍从原来的感染灶进入脓腔，引流不畅，日久脓腔周围纤维组织增生而形成瘘管。也有人推测性激素的影响是肛瘘发生的主要原因，在青春期，人体自身的性激素开始活跃，随即一部分皮脂腺，特别是肛腺开始发育增殖，男青年较女性增生明显。
