1材料与方法
引物:采用逆转录-套式聚合酶链反应(reverse transcription-nested pCR, RT-nPCR)技术,引物分别源于HGV基因组的5′端非编码区(A)、非结构区5(B、C)和非结构区3(D),均由上海生工生物工程公司合成,PAGE纯化,引物序列及所扩增片段的相对分子质量见表1。
表1本研究中HGV-RNA检测所用引物序列
Table 1Nucleotide sequence of primers used to detect HGV-RNA in the study
Sets HGVregion Primer Sequence (5′→3′) Product A 5′UTR 1 AGGTGGTGGATGGGTGAT 280 bp 2 TGCCACCCGCCCTCACCCGAA 3 TGGTAGGTCGTAAATCCCGGT 4 GGRGCTGGGTGGCCYCATGCWT B NS5 1 GTTACACTTATGAGGARGC 210 bp 2 GCRTCCACACAGATGGCGCA 3 CTGGTTGGGGGTGTACTGG 4 GAGATACTTGAAGGGACTCC C NS5 1 CCAGTTTACTCTACCAAGCT 290 bp 2 GAGATAAGTGCWGGCGATGG 3 TGGGCTGAGGTGGTGGTGACC 4 GCATCTCTCGGCTACTACCA D NS3 1 GCTCGCCTATGACTCAGCAT 280 bp 2 GTCACCTCAACGACCTCCTC 3 CCACCAACCCACAGTCGGTG 4 ATCCATAATTGAGACAAAGCTGGA血清标本:60例,系丙型肝炎病毒(HCV)感染的有偿献血员标本,来自河北省。
酶与试剂:异硫氰酸胍和十二烷基肌氨酸钠为Sigma产品,逆转录酶(AMV-RT)、DNA聚合酶(Taq-P)和核糖核酸酶抑制剂RNasin系Promega公司产品,三磷酸核苷酸dNTPs购自Boehringer Mannheim公司。
方法:50 μl血清参照文献[9]取RNA模板,将核酸沉淀溶于5.5μl含RNasin(1U·μl-1)的DEPC水中,70℃变性5min、冰浴2min后加入逆转录反应混合液,混匀,42℃反应1h。10μl逆转录反应体系中含1×AMV-RT Buffer、dNTPs200 μmol·L-1、AMV-RT2U及相应的HGV引物A-2、B-2、C-2、D-2各25 pmol。逆转录反应结束后95 ℃ 10 min使AMV-RT失活,加入PCR反应混合液混匀、液体石蜡封顶。第1次PCR的50 μl反应体系中含1×PCR Buffer、MgCl2 1.5 mmol·L-1、dNTPs 200μmol·L-1、Taq-P 1.5U及相应的HGV引物A-1和A-2、B-1和B-2、C-1和C-2、D-1和D-2各50 pmol;第1次PCR反应结束后取5μl进行第2次PCR,第2次PCR分别含相应的HGV引物A-3和A-4、B-3和B-4、C-3和C-4、D-3和D-4各50pmol,其余同第1次PCR。循环参数两次PCR相同,均为94℃变性1min、55℃退火1min、72℃延伸1.5min,扩增30个循环。第2次PCR反应结束后取产物经60g·L-1聚丙烯酰胺凝胶电泳检测。
2结果
灵敏度实验:取1份HGV-RNA强阳性血清,10倍系列稀释后分别用A、B、C、D 4组引物进行RT-nPCR检测,比较4组引物的检测灵敏度。结果发现A、B、C、D 4组引物的最低检测稀释度分别为10-3、10-5、10-4、10-1。
不同区引物检测HGV-RNA的结果:利用A、B、C、D 4组不同区引物(A为5′UTR,B和C为NS5,D为NS3)分别对60份感染HCV的有偿献血员血清标本进行RT-nPCR检测。结果A、B、C、D 4组引物分别检出HGV-RNA阳性8、11、9、4例。60份样品中HGV-RNA合计11例阳性,这11例阳性标本A、B、C、D 4组引物的检出情况见表2。
表211例HGV-RNA阳性标本不同区引物检出情况分析
Table 2Detection of 11 HGV-RNA positive samples with different region primers
No. A(5′UTR) B(NS5) C(NS5) D(NS3) 1 + + + + 2 + + - - 3 + + + - 4 + + + - 5 + + + - 6 - + + - 7 + + + - 8 + + + + 9 - + - + 10 + + + + 11 - + - -3讨论
HGV为单股正链RNA病毒,其基因组结构与同属黄病毒科的人类肝炎病毒HCV极为相似,但种系发生分析已证实HGV并非HCV的变异株,而是一个独立的新成员。最近的研究结果又提示HGV基因组结构与HCV虽然相似,但仍有很大不同,具体表现为HGV的C功能区的缺失、5′UTR序列的较大变异及其致病性的不同等。因此,有些学者指出,鉴于HGV和HCV在病原学、致病性等许多方面的不同,以往所应用的完全照搬HCV的分析方法对HGV进行研究的思路似乎是不正确的,我们应该去重新认识HGV在人类肝炎中的地位和作用[10]。
由于HGV的研究时间尚短,尚未建立起稳定、成熟的检测HGV抗体的免疫学技术,因此对HGV核酸的检测也就成为目前唯一较可靠的病原学诊断方法,而其中RT-nPCR条件的优化也就具有重要意义。有文献报道,与HCV不同,HGV病毒基因组的5′UTR并不很保守,其序列分析发现有0.5%~29.1%的核苷酸变异;另外,NS5区的核苷酸变异率不高,显示了一定的高保守性。据此我们在目前常用于设计HGV-RNA检测引物的NS3、NS5和5′UTR区分别合成了4组引物,其中A组为5′UTR区、B组和C组为NS5区、D组为NS3区。不同区引物对60 例感染HCV的有偿献血员血清标本检测结果表明(表2):4组引物中,以D组NS3区引物对HGV-RNA的检出率最低。有两份样品(No.6和No.11)只有NS5区引物检测为HGV-RNA阳性(均经3次重复实验证实)。以上结果提示,对HGV-RNA进行RT-nPCR检测时,以在5′UTR区和NS5区设计引物为宜,其中NS5区似乎较5′UTR区更好。同时灵敏度实验结果又表明,对于同一份HGV-RNA阳性标本,NS5区引物的检测灵敏度也最高(最低检测稀释度B组、C组分别为10-5、10-4),5′UTR引物略低(10-3),NS3区最差(10-1)。因此,我们分析NS3区引物对HGV的低检出率可能既与该区核苷酸变异率较高、引物和模板不能很好地退火有关,同时也有灵敏度较低等因素的影响。总之,本研究的结果提示NS3区引物用于HGV-RNA的临床常规检测是不合适的,NS5区应该是较好的选择。
另外,本研究在感染HCV的有偿献血员中HGV的检出率为18.3%(11/60),与国外报道相似[6],明显高于正常人群,提示HGV与HCV有相似的传染途径和危险因素。注:美国中华医学会(CMB)基金(93-582)资助课题。
参考文献
1Simons JN, Leary TP, Dawson GJ, et al. Isolation of novel virus-like sequences associated with human hepatitis. Nat Med, 1995, 1(6):564-569
2Leary TP, Nuerhoff AS, Simons JN, et al. Sequence and genomic organization of gBV-C: A novel member of the flaviviridae associated with human non-A-E hepatitis. J Med virol, 1996, 48(1):60-67
3王宇,Okamoto H, 安萍,等. 我国献血员中庚型肝炎病毒感染状况的研究. 北京医科大学学报,1996, 28(2):97
4Linnen J, Wages J, Zhang-Keck ZY, et al. Mo
