阴茎（penis）可分为头、体和根三部分。后端为阴茎根，藏於阴囊和会阴部皮肤的深面，固定於耻骨下支和坐骨支，为固定部。中部为阴茎体，呈圆柱形，以韧带悬於耻骨联合的前下方，为可动部。阴茎前端的膨大部分为阴茎头，头的尖端有矢状较狭窄的尿道外口（external orifice of urethra）。头后较细的部分为阴茎颈。

阴茎主要由两个阴茎海绵体和一个尿道海绵体组成，外面包以筋膜和皮肤。阴茎海绵体（cavernous body of penis）为两端细的圆柱体，左、有各一，位於阴茎的背侧。左、右两者紧密结合，向前伸延，尖端变细，嵌入阴茎头后面的凹陷内。阴茎海绵体的后端左、右分离，称为阴茎脚，分别附於两侧的耻骨下支和坐骨支。尿道海绵体（cavernous body ofurethra）位於阴茎海绵体的腹侧，尿道贯穿其全长。中部呈圆柱形，前端膨大为阴茎头，后端膨大称为尿道球（bulb of urethra），位於两阴茎脚之间，固定在尿生殖膈的下面。每个海绵体的外面都包有一层厚而致密的纤维膜，分别称为阴茎海绵体白膜和尿道海绵体白膜。海绵体内部由许多海绵体小梁和腔隙构成，腔隙是与血管相通的窦隙。当腔隙充血时，阴茎即变粗变硬而勃起。三个海绵体外面共同包有浅、深阴茎筋膜和皮肤。

阴茎的皮肤薄而柔软，富有伸展性，皮下无脂肪组织。皮肤在头和颈处与深层贴附紧密，其馀部分则疏松易於游离，阴茎皮肤自颈处向前反折游离，形成包统阴茎头的双层环形皮肤皱襞，称为阴茎包皮（prepuce of penis）。包皮的前端围成包皮口，在阴茎头腹侧中线上，连於尿道外口下端与包皮之间的皮肤皱襞，称为包皮系带（frenulum of prepuce）。作包皮环切时，应注意勿伤及包皮系带，以免影响阴茎的正常勃起。

幼儿的包皮较长，包著整个阴茎头，包皮口也小。随著年龄的增长，包皮逐渐退缩，包皮口也逐渐扩大。若包皮盖住尿道外口，但能够上翻露出尿道外口和阴茎头时，称为包皮过长。当包皮口过小，包皮完全包著阴茎头不能翻开时，称为包茎。在这两种情况下，都易因包皮腔内污物的刺激而发生炎症，也可成为诱发阴茎癌的一个因素。

阴茎是男子的排泄尿液和性交，交媾的器官。阴茎体由阴茎海绵体和尿道绵体组成，具有丰富的血管、神经、淋巴管。阴茎冠状沟处神经分布最丰富，敏感性最高。
人类的阴茎与其他哺乳动物相比缺少勃起用的软骨，而是用充血来使得其勃起。人类的阴茎不能收缩到腹股沟中。

长度及粗细

正如人有高有矮，阴茎的尺寸也各不相同。通常人们认为典型西方白色人种的阴茎尺寸会大于亚洲人种。据统计美国人在松弛时阴茎长度从7.5厘米到11厘米，勃起时可有10厘米到18厘米。亚洲人种勃起时7厘米至16厘米都是正常。阴茎的长短，和男性的性能力无关，亦不是影响女性获得性快感的要素。一般医学上认为，中国男性阴茎长度大于5CM即可行使正常性功能。

包皮环切

指用外科手术方式，环状切除阴茎包皮靠近阴茎颈或龟头的部分。

原因有很多。世界上有些信仰宗教的人，会在男孩出生不久，进行切割包皮的仪式，称“割礼”。例如：犹太教，穆斯林。有些民族也有这种习俗。它是当前欧美为新生男婴施行的常规手术；在中国，则非男孩必需的手术。也有人为了美感，成年後主动做割包皮手术。

理论上说，包皮过长的男性更容易罹患阴茎癌及其他性病。因为如果不经常清洁包皮里面的龟头，容易藏污纳垢，而且相对潮湿。一般病菌都需要潮湿的情况下，才可以繁衍生殖。根据最新研究，割过包皮的男子较不易患艾滋病。

成年後如果仍然有包茎，应该考虑将过多的包皮手术切除，使阴茎头露出。如果只有包皮，在勃起，或者没有勃起的情况下，可以用手完全将龟头露出。那麼只要日常经常清洁，就没有切除包皮的必要。相反，由於有包皮保护，龟头会相对敏感。性交或者自慰的时候，会有更加强烈的感觉。

很多男性因为一出生，自己没有选择能力，包皮就被切割。有些因此而希望自己能够有包皮。包皮长短在生理上并没有什麼关系，主要是心理上的想法。因此有专门的医生提供包皮修复的手术。