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通过对肝癌的发病调查，发现和证实与肝癌发病有关的病因包括：
1、肝炎病毒与肝癌
患肝炎的人群患肝癌的危险性比无肝炎的人群高得多，因此无肝炎的人患肝癌的危险性极少。肝炎中与肝癌有关的主要是乙型肝炎、丙型肝炎、丁型肝炎，而甲型和戊型与肝癌无关。
其发病的机理是：
乙型肝炎是一种逆录病毒，这种病毒在细胞内复制的过程中，会插入人体细胞的核糖核酸中。
核糖核酸是人体基因(遗传信息)的存在形式，在核糖核酸中有些基因是操纵细胞增殖、发育的基因，叫癌基因。
乙型肝炎病毒的插入，会影响基因的稳定性，使本来静止的癌基因激活，肝细胞恶变成肝癌细胞。
另外，乙型肝炎病毒会产生一种病毒蛋白质，叫X蛋白，这种蛋白质也能激活癌基因，引起肝细胞恶变。
肝炎病毒引起肝癌的另一原因是肝细胞的炎症、坏死和增生，在增生的过程中对致癌因素的敏感性增高，容易引起各种致癌因素，而恶变成肝癌细胞。
乙型肝炎是肝癌发病率最高的一种肝炎，在肝癌发病率中比例为90%左右。由于90%的肝癌患者都是乙肝携带者或患乙肝和乙肝肝硬化，因此把治疗的重点放在乙肝和肝硬化上，对降低肝癌发病率有一定的意义。
丙型肝炎与肝癌的病因关系已得到证实，虽发病率极低，在治疗上也要重视。
2、黄曲霉素与肝癌
黄曲霉素在粮食中如玉米、花生、大米、面粉等易污染，主要是由于在我国东南沿海地区气候潮湿多雨，容易滋生黄曲霉素。
黄曲霉素B1致癌作用最高，其它还有黄曲霉素B2、G1、G2等。
其发病机理是：黄曲霉素BI在人体内经过肝脏代谢后会形成毒性更大的氧化中间产物，这种中间产物会和人体的重要遗传物质DNA结合，使DNA的结构发生改变，在DNA复制和细胞发生分裂的过程中，肝细胞容易发生恶变而形成癌细胞。
除黄曲霉素外还有黄米霉素、杂色曲素、乌青霉等霉素也有一定的致癌作用，所以污染黄曲霉素和其它发霉的粮食和霉变食物不可食用。
3、饮用水与肝癌
饮用沟塘水、河水和井水受到污染后的致癌物诱发肝癌，其中主要是沟、塘水中的蓝绿藻所产生的毒素能引起肝细胞坏死，是一种较强的促癌物质。
因此，饮水一定要饮自来水，如饮井水一定要消毒处理才能饮用。
4、乙醇与肝癌
饮酒过量不但能引起肝脏损害，而且还有致癌因素。白酒、葡萄酒、啤酒等主要成分均为酒精(乙醇)，过量饮酒易引起肝炎、脂肪肝和肝硬化、乙醇性肝炎、肝硬化、乙醇性脂肪肝，如慢性肝炎的病人饮酒可加剧肝脏的损害(尤其是乙肝病人)，甚则恶变为肝癌。因此患有各种肝病者，乙肝阳性者都应戒酒。
5、其他
亚硝胺是一种很强的致癌物，与癌有密切关系。
另外，如在食物中缺乏蛋白质、维生素B族中的胆碱等营养成分，以及微量元素铜、锌、硒等和遗传因素，都与发生肝癌有一定关系。
