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常有患者闷这样的问题，其实两者各有优缺点，不可一既而论。
一般来说，临床上多数病变在宜肠和乙状结肠，因此采用乙状结肠镜检查可发现多数直肠和乙状结肠病变。对于慢性肠病患者或怀疑结肠病变范围较广者，宜采用纤维结肠镜或电子结肠镜检查。内窥镜检查有确诊价值，通过宜视下反复观察结肠的肉眼变化及组织学改变，既能了解炎症的性质和动态变化，又可早期发现癌前病变，能在镜下报确地采集病变组织和分泌物.
以利排除特异性肠道感染性疾病。其缺点是检查前肠道准备较气钡灌肠检查要求高，如要求在14、时内服完3删毫升洗肠液.而且检查中痛苦也较大。对于某些患者尤其是肠粘连、肠腔梗阻或狭窄的患者，其上方肠段难以看到。
气钡灌肠可观察到结肠和宜肠的大体形态和痉挛情况.对慢性结肠炎的诊断和鉴别诊断有重要意义.尤其对克隆病、结肠肿瘤有意义。对于因各种原因肠镜不能插入的肠段，气钡灌肠往往能达到较满意的检查效果。同时其痛苦较小，肠道难备相对较轻松，故年龄较大者唐伯服洗肠液者，可选择气钡沼肠检查。其缺点是不能看到部膜表面的充血水肿等细微变化，不能对病变组织或教腹取样检查，粪渣等易影响诊断。
