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我国治疗腹泻滥用抗生素现象比较严重，故卫生部要求各地要求要制定计划，使腹泻病人使用抗生素的比例逐渐下降。约 70%急性水样便为病毒感染，少数为产肠毒素性细菌感染，故一般不应使用抗生素。应用抗病毒药或中药治疗，做好液体疗法，即可治愈。滥用抗生素，可造成肠道正常菌群紊乱、腹泻更不容易治愈。如为黏液便、脓血便，或虽为水样便，但中毒症状重、不能用脱水解释者，可选用抗生素治疗。最好有病原学根据及药物敏感实验根据，有针对性地使用抗生素。
