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由于目前尚无可用的菌苗和疫苗，所以综合预防措施很重要。首先，提倡母乳喂养，降低腹泻发病率;其次要逐渐添加辅食，减少肠道感染机会;另外还要注意改善卫生习惯，养成良好的卫生习惯。病从口入是说致病微生物往往通过污染的食物或饮水进入消化道引起感染。人工喂养的孩子，还要加强食具消毒。为此，看护孩子的人应该教育和帮助孩子食前便后用肥皂水洗净双手。奶瓶、奶嘴及食具应在洗净后煮沸消毒，奶嘴煮沸不要超过5分钟以防老化。不能给孩子喝生水，生吃的瓜果要洗净。
