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导致前列腺炎病原学检查发生漏诊或误诊的常见原因，主要包括尿道及皮肤正常菌群或病原体污染、病原体混合感染、病原体之间的拮抗或掩盖、标本采集方法不规范。
(1)尿道及皮肤正常菌群或病原体污染 正常男性尿道前段和阴茎皮肤上可存在有多种正常菌群，甚至存在有金黄色葡萄球菌、衣原体、白色念珠菌等病原性微生物。这些正常菌群常可污染常规方法经尿道采集的尿液、前列腺液或精液标本，从而造成对分离培养结果的分析与判断发生错误，最终导致前列腺炎治疗无效。
(2)病原体混合感染 不同类别、菌种、菌型和不同菌株的病原体混合感染前列腺的情况，在前列腺炎、尤其是慢性前列腺炎极为常见。由于不同的病原体通常具有不完全相同的生物学特性，加上对于病原体分离培养结果的判断标准、方法和从业人员的专业知识等因素，常可导致病原学检查发生漏诊或误诊。
(3)病原体的拮抗或掩盖 各种病原体具有不同的生长繁殖速度、运动扩散能力、代谢活动和产物等生物学特性，是病原学诊断中藉以鉴别不同病原体的重要依据，但也是导致病原学检查发生漏诊或误诊的常见因素。那些代谢活动活跃、生长繁殖迅速、运动活泼与扩散能力强的病原体，在培养基上迅速生长繁殖和产生大量代谢产物，对那些生长繁殖慢及代谢活动较差的病原体产生显著的拮抗或掩盖作用。常导致在观察分离培养结果时，只发现和选择出优势生长的病原体而将那些被拮抗或掩盖的病原体遗漏。
(4)潜在病原体形成 由于细菌的生长繁殖速度、对培养条件的要求、细胞壁缺陷变异、抗菌药物残留和病人前列腺等男性生殖器官的组织病理学特征等因素，常造成某些病原体不能被常规
方法采集的前列腺液标本采集到，或在常规细菌学方法检查中不能被发现，从而成为潜在病原体。潜在病原体常可导致“无菌性前列腺炎”的错误诊断，但可通过特殊的病原学检查方法发现，且通过使用敏感抗菌药物治疗方法证实。
(5)标本采集不规范或错误 不规范或错误的标本采集方法，常易造成标本的污染，污染来自病人尿道、皮肤、操作者皮肤和标本容器内的细菌等病原体，从而造成错误的病原学检查结果，由此导致抗菌药物错误选择和治疗无效。例如，①临床上常用新洁尔灭等消毒剂对病人的外生殖器和尿道口进行消毒后，再采集尿液或前列腺液等泌尿生殖道标本，从而造成消毒剂污染标本，使病原体培养出现假阴性结果。②由于病人多、医生工作忙等原因，对病人进行采集标本的方法与注意事项缺乏指导，而是放任病人自
行操作、甚至医务人员也进行了不规范操作，常可造成标本污染或采集的标本不符合要求。
其他如标本的运送与处理方法，病原学检查结果的判断指标与方法，从业人员的专业素质等因素，也常可导致病原学检查发生漏诊或误诊。
