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西医认为，鼻咽癌的病因尚未十分明确，流行病学研究提出鼻咽癌的病因可能与环境、饮食、微量元素缺乏、遗传和EB病毒感染等因素有关。其中，摄食咸鱼和腌菜经常和过多，证明可增加鼻咽癌的危险性，而EB病毒的感染，与鼻咽癌患病有密切联系。
中医认为，本病是因脏腑功能失调，正虚于内，受七情六淫所伤，邪毒乘虚侵袭，致肺热内盛，或肝胆热毒，或疾火互结，最终疾热疥毒等搏结于鼻窍，阻塞经络，日久而成鼻咽癌肿。
