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做肠镜检查要将物体插入机体器官内，会有不舒服的感觉。相较之下，乙状镜很短，进镜相对顺利，检查时间也短，所以痛苦不大，只是有憋胀、异物感和排便感。随着检查的结束，不适感也就消失了，几乎 100%的受检者都能顺利完成。 纤维结肠镜则不然，由于结肠较长，且乙状结肠肠管游离、肠腔内皱襞多，易于结圈而插镜通过困难， 结肠脾曲和结肠肝曲这两个拐弯角度常不足 90°，镜子通过也有一定难度，所以做纤维结肠镜检查费时、费力、有一定痛苦，部分患者不能坚持做完全程检查。因此，做纤维结肠镜检查前，患者要有心理准备，检查过程中患者有不舒适感一定要告诉医护人员， 并听从医护人员的指挥， 医患密切配合，尽量减少痛苦。 检查结束后，患者最好休息片刻，喝一些水。
做纤维结肠镜检查时，患者出现的不适主要有腹痛、腹胀，恶心、呕吐(牵拉系膜引起呕吐反射)，个别患者会出现手足麻木、四肢抽搦、头晕(患者紧张引起过度换气造成呼吸性碱中毒)等，此时要停止检查。
