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原发性肝癌与继发性肝癌的临床表现很相似，有时很难区别，主要从以下几方面加以区别：
首先，应在身体其他部位寻找原发癌病灶，能够找到原发癌灶的即是发性肝癌，否则就是原发性肝癌，由于原发于胃肠道、呼吸道、泌尿生殖道、乳房等处的癌灶常转移至肝，因此对这些部位都应仔细检查。
其次，AFP检测阳性为多为原发性肝癌，但少数原发性癌在消化道的病例也可呈现阳性。此外，原发性肝癌人多合并肝硬化或慢性乙肝病史等也可资区别。
此两种肝癌区别的关键在于病理检查和慢性乙肝病史等可以区别。
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