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从解剖的角度来讲，在正常状态下，盆底肌肉使阴道口闭合，紧贴在附近的两侧大阴唇自然合拢，成为阴道的自然防御屏障，所以阴道的自净作用就是通过生理和解剖体现出来的。
女性本身有比较完善的自然防御系统，其中最主要的是阴道的自净作用。从生理上来说，正常的女性阴道内，上皮细胞中含有丰富的糖原，而糖原在乳酸杆菌的作用下分泌乳酸，使阴道内及外阴部形成pH 值小于4.5，但在3.8-4.4之间的弱酸性环境。同时卵巢分泌的雌激素可使阴道上皮细胞增生变厚，增加对病原体侵入的抵抗力。正常情况下，可以有效抑制细菌的生长、繁殖，并且阴部存在多种菌群，相互制衡，也能分泌一些抑制物抑制其他有害菌的生长，维护身体局部健康。
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