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在重大新药创制科技专项的支持下，我国科研人员超额完成新药品种研发任务，新药品种的研发进程加快。截至目前，专项已有16个品种获得新药证书，24个品种提交新药注册申请，17个品种完成全部研究工作，41个品种进入临床III期研究阶段，96个品种进入临床I、II期研究阶段。
同时，部分新药研发的创新性和质量明显提升。如中国科学院上海药物研究所研发的新药盐酸安妥沙星，药效优于国际一线用药。江苏恒瑞医药公司已有11个一类新药进入临床研究，其中2个在欧美国家开展临床研究。军事医学科学院研制的“军科奥韦”已用于甲型H1N1流感疫情防控。第三军医大学成功研制出世界上第一个重组幽门螺旋杆菌疫苗。
针对保障我国人民健康的基本医疗需求，我国还支持了36个药物大品种的技术改造，提高了产品安全性，降低了生产成本，增强了产品的国际竞争力。如石药集团改造的抗高血压药物“玄宁”，在国内同类药物中销量仅次于跨国制药企业辉瑞公司的“络活喜”，价格仅为其1/3。进口抗肿瘤新药“阿霉素脂质体”价格为8890元/支，国内同类产品经技术改造后，价格可降低一半左右。天士力集团公司的“复方丹参滴丸”即将在美国开展III期临床试验，有望成为我国第一个进入欧美市场的现代中药制剂。
在科研模式上，我国还组建了15个综合性新药研发技术大平台，在新药品种研发、候选药物筛选等新药研发能力方面有了很大改进，某些技术领域达到国际先进水平。按照新药研发链条，部署了8个新药临床前安全评价技术平台和26个临床评价技术平台，在技术服务能力提升和实现国际互认等方面取得积极进展，相关单位已主持或参与大量新药国际多中心临床研究和国外委托的临床前安全评价任务。
为了提高企业的新药创新能力，以高新技术园区为依托，建立了企业新药孵化基地。投入的中央财政经费，直接带动了地方和企业投入近百亿元，拉动间接投入超过200亿元。北京加快大兴、亦庄以及昌平的医药和生命科学园区的结合，并将投入近百亿元支持其发展。上海以张江生物医药园区为核心整合南汇、徐汇等区域，提出2000亿元医药销售额的发展目标，已获得新药产品229个，新药证书超过50个。天津市将投入30亿元建设滨海新区生物医药产业园。江苏泰州的中国医药城已吸引250多家医药企业进驻。
