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直肠在盆腔内的位置与骶椎腹面的关系很密切，也具有与骶椎相同的曲度。直肠腔上端大小与乙状结肠相同，下端则扩大为直肠壶腹。肠管上三分之一前面与两侧为腹膜所盖，中三分之一前面腹膜向前反折成为直肠膀胱陷窝或直肠子宫陷窝，直肠下三分之一完全在腹膜以外。肠壁肌层与结肠相同，直肠环肌在下部肥厚成为肛门内括约肌。直肠粘膜较厚，有三个半月形的皱襞，内有环肌纤维，称为直肠瓣。
肛管长约3厘米，其下界为肛门缘，通于体外;上界为齿线，与直肠相连接。外科通常将肛管的上界扩展至齿线以上1.5厘米，即肛管直肠环平面，所以又有解剖肛管与外科肛管之分。肛管周围有内、外括约肌环绕。肛管的表层，上部为移行上皮，下部为鳞状上皮。在直肠粘膜与肛管皮肤交界处粘膜呈6-10个纵行皱褶，称为直肠柱或肛柱。
两个相邻直肠柱下端之间有半月形粘膜皱襞，称为肛门瓣，肛门瓣与直肠柱之间的肠壁粘膜形成向上开口的袋状间隙，称为肛隐窝，又称肛窦，肛隐窝底部有肛腺导管开口。肛门瓣下方有2-6个三角形乳头状突起，称为肛乳头。由于这些解剖结构，直肠粘膜与肛管皮肤之间形成一条不整齐的齿状的交界线称为齿线，是重要的解剖标志。
