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肾结石大多数为草酸钙结石。虽然部分肾结石有明确的原因，如甲状旁腺功能亢进可引起血钙增高，血磷降低，尿钙增高，容易形成结石。云南结石病医院泌尿结石专家提示：痛风可引起嘌呤代谢紊乱，血中尿酸增高，尿中尿酸也增加，尿酸易于沉淀，形成结石。另外，长期卧床常引起骨质脱钙，使尿钙增高，容易形成结石。但大多数含钙结石的形成原因目前仍不能完满解释。在学说上有异质成核、取向附生、结石基质和晶体抑制物质等多个结石形成的学说。
根据肾结石形成机制的不同，可分为与代谢因素有关的结石和感染性结石。
云南结石病医院专家解析，代谢性结石是由于代谢紊乱所致，如甲状旁腺功能亢进，各种原因引起的高尿钙症、高尿酸尿症、高草酸尿症和胱氨酸尿症等。高浓度化学成分损害肾小管，使尿中基质物质增多，盐类析出，形成结石。
感染性结石是由于产生脲酶的细菌分解尿液中的尿素而产生氨，使尿液碱化，尿中磷酸盐及尿酸铵等处于相对过饱和状态，发生沉淀所致。细菌、感染产物及坏死组织亦为形成结石之核心。
