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有遗传、放射线辐射、环境污染、化学性致畸物质、病毒或胎儿内分泌功能紊乱等方面。现分述如下：
(1)多睾多睾畸形病因尚不十分清楚，多认为是生殖嵴内上皮细胞群分裂的结果。
(2)无睾病因也不很清楚，可能是在胚胎期睾丸被毒素破坏或继发于血管的闭塞和外伤引起睾丸萎缩所致。
(3)并睾双侧睾丸在腹内或阴囊融合成一块，故也称融合睾丸或睾丸融合，多伴有融合肾，因此有的学者认为此畸形的发生与两侧肾的融合有关，此畸形发生于胚胎发育的第4周。
(4)睾丸发育不全睾丸在胚胎时期由于血液供应障碍或在睾丸下降时发生精索扭转、隐睾、患垂体功能减退症、性幼稚型疾病、流行性腮腺炎以后，或幼儿睾丸受到外伤及成人受到放射线损伤后均可引起睾丸发育不全。此外，遗传性疾病也可引起。
(5)睾丸增生睾丸增生是指睾丸较正常大，但其硬度及局部解剖关系均正常。多由于一侧睾丸缺如或发育不全致对侧睾丸代偿性增生。
(6)异位睾睾丸在下降过程中离开正常径路未入阴囊而转位于其它部位，多由于胚胎发育异常所致。
(7)游走睾丸睾丸可由阴囊回缩到腹股沟管，亦能自行降入阴囊，系提睾肌反射亢进和睾丸系带未与阴囊附着所致。
(8)睾丸与附睾不连接睾丸和形成睾丸输出管的中肾小管连接失败造成了睾丸与附睾分离，致使生殖管道连续中断，睾丸制造的精子不能通过睾丸输出管进入附睾。究其原因约有：①附睾和输精管下降进阴囊，但睾丸缺如。②睾丸未降，而附睾部分地降入阴囊。③仅有输精管存在于阴囊。④睾丸与附睾均降入阴囊，但因过长的睾丸系膜将两者隔离，⑤腹部或腹股沟部隐睾，又因睾丸系膜过长而将睾丸与附睾分离。
