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先天性白内障壁常与其他眼疾及全身其他器官的畸形和发育有着密切的关系，这些加重了视力的障碍，有些则可根据眼部的变化，追踪出全身其他疾病的线索。先天性白内障较常伴有的眼部异常有：
(1)斜视：约有半数左右的先天性白内障病人伴有斜视，这是由于白内障引起视力下降，或双眼视力不平衡，破坏了融合机制，造成斜视。有些斜视可能是伴有眼部解剖异常所致。
(2)眼球震颤：因先天性白内障视力下降，不能注视，而出现摆动性或搜寻性眼球震颤，也可见于某些其他器官发育异常。如下颌一眼一面一头颅发育异常综合征。
(3)先天性小眼球：先天性白内障合并先天性小眼球者，即使手术，视力恢复也是不理想的。先天性小眼球可能是因为晶状体不正常发育而影响了眼球的大小，还可合并眼内某些组织(如虹膜、脉络膜)的缺损。
(4)视网膜、脉络膜病变：少数的白内障患儿可伴有近视性脉络膜、视网膜病变，视网膜变性，黄斑营养不良等。
(5)其他：先天性白内障有时还可合并虹膜、瞳孔发育不良，晶状体脱位，晶状体缺损，无虹膜，脉络膜缺损，瞳孔残膜，大角膜等。
先天性白内障还可合并全身其他器官的发育异常，如下颌发育不全、侏儒、毛发稀少、皮肤萎缩、耳聋等。也可合并大脑发育不全，智力减退，四肢关节松软，先天性心脏病，肾功能障碍等。
此外，许多遗传性疾病与其有着密切的联系，如强直性肌营养不良、半乳糖综合征、先天性钙化性软骨营养不良、马凡氏综合征、ALPORT综合征等。
