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据介绍，目前诊断炎症性肠病主要包括临床病史的全面采集、结肠镜检查、影像学的检查以及黏膜组织学检查等。
溃疡性结肠炎一般有持续或反复发作的腹泻、黏液脓血便并伴有不同程度不同部位的腹痛、里急后重和不同程度的全身症状，病程多在4～6周以上，并且可以伴有关节、皮肤、眼、口和肝胆等肠外表现。我们在临床上碰到疑似溃疡性结肠炎的病人，一般要询问患者腹泻和腹痛的病程是否在4～6周以上，并且新近有没有肠道的感染史、抗生素和非甾体消炎药等用药史、戒烟以及应激因素等。克罗恩病多为慢性起病、反复发作的右下腹或脐周疼痛、腹泻，可伴腹部肿块、梗阻、肠瘘、肛门病变和反复口腔溃疡，以及发热、贫血、体重下降、发育迟缓等全身症状。临床上遇到疑似克罗恩病的患者，除了询问患者有无上述病史外，我们还应该注意询问患者有无结核病史、免疫性疾病史。
而对于溃疡性结肠炎来讲，粪便常规检查和培养应不少于3次，还应除外阿米巴痢疾、血吸虫病等疾病。对于克罗恩病来说，除了要做大便常规之外，有条件的还应做粪便钙卫蛋白、乳糜蛋白等来了解疾病的活动性。另外血清学标记物对疾病也具有辅助诊断价值，血清自身抗体及抗微生物抗体有助于溃疡性结肠炎和克罗恩病的鉴别诊断。结肠镜检查很关键，大多数患者比较惧怕结肠镜检查，但是它对于疾病的确诊却具有相当重要的价值，所以炎症性肠病患者需常规行结肠镜检查、兼取活检。 专家强调，对于重症患者或暴发型患者可缓作或是仅作直、乙状结肠镜检查。病变肠段活检有助于确诊。当患者具有上述典型症状、典型镜下表现以及特征性的病理组织检查结果时，不难做出对炎症性肠病的诊断。重症长程的炎症性肠病患者还易并发肠道恶性肿瘤，因此久病的患者应定期复查结肠镜，特别是新近发明的新型内镜，如窄带光谱、共聚焦激光显微内镜等，对发现早期癌变病灶十分有益。
