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按瘘管位置高低分类
①低位肛瘘：瘘管位于外括约肌深部以下。可分为低位单纯性肛瘘(只有一个瘘管)和低位复杂性肛瘘(有多个痿口和瘘管)。②高位肛瘘：瘘管位于外括约肌深部以上。可分为高位单纯性肛瘘(只有一个瘘管)和高位复杂性肛瘘(有多个瘘口和瘘臂)。此种分类方法，临床较为常用。
按瘘管与括约肌的关系分类
①肛管括约肌间型：约占肛瘘的70%，多因肛管周围脓肿引起。瘘管位于内外括约肌之间，内口在齿状线附近，外口大多在肛缘附近，为低位肛瘘。②经肛管括约肌型：约占25%，多因坐骨肛管间隙脓肿引起，可为低位或高位肛瘘。瘘管穿过外括约肌、坐骨直肠间隙，开口于肛周皮肤上。①肛管括约肌上型：为高位肛痿，较为少见，约占4%。①肛管括约肌外型：最少见.仅占1%。这类肛瘘常因外伤、肠道恶性肿瘤、Crohn病引起。治疗较为困难。
