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便秘的原因很多，但总不外乎肠道病变、肠道外病变及饮食、生活方式方面的因素等。
(1)肠道病变原因主要指结肠、直肠、肛门器质性和功能性病变。
①结肠器质性、功能性病变：包括结肠肿瘤、结肠扭转、结肠憩室炎、阿米巴瘤、肠结核、梅毒、性病性淋巴肉芽肿、溃疡性结肠炎、克罗恩病、缺血性结肠炎、吻合口狭窄、子宫内膜异位、肠套叠、肠粘连及不完全性肠梗阻、结肠冗长、先天性巨结肠、结肠无力等。
②直肠肛管出口梗阻：包括直肠肛门狭窄、肛裂、痔、直肠脱垂、直肠套叠、盆底痉挛综合征(单独或合并直肠孤立性溃疡)、直肠前突、巨直肠、子宫内膜移位等。
(2)肠道外病变原因
①精神病及神经性病变：由精神因素引起的便秘常见于抑郁症、慢性精神病和神经性厌食者。中枢神经系统病变(脑肿瘤、帕金森综合征)、骶神经或脊髓损伤、神经缺损、脊髓肿瘤、多发性硬化等;长期睡眠不足、抑郁、持续紧张或过度激动，使高级中枢和支配结肠的自主神经功能紊乱、胃肠激素分泌异常，可导致结肠紧张性改变和肠运动异常。
此外，精神过度紧张或抑郁，可抑制自然排便反射，导致严重便秘。尚有少数精神病患者拒绝排便，而无任何结肠运动异常。此时粪便滞留于直肠，故属于直肠性便秘。
②体质性因素：年老体弱、久病、产妇以及懒于活动的人，可因胃肠道蠕动减慢而易发生便秘。
③内分泌异常与代谢性疾病：如甲状腺功能低下、高钙血症、妊娠、糖尿病、脱水、低钾血症、尿毒症、铅中毒、卟啉病、垂体功能下降等。
④水电解质平衡失调：如大量出汗、腹泻、呕吐、失血或发热后出现原发性或继发性脱水，代偿性地使粪便变得干燥。
⑤药物性便秘：抗胆碱能药、神经节阻滞药、肌肉松弛药、抗帕金森病药、降压药、镇静药、镇痛药、麻醉药、抗惊厥药、抗抑郁药、阿片类制药、某些抑酸药物(如碳酸钙、氢氧化铝等)可导致药源性便秘，甚至久服泻药后也会导致便秘。
⑥结肠应激性减退：在正常情况下结肠内容物可刺激结肠黏膜，引起结肠蠕动。当结肠特别是直肠应激性减退时，即使有粪便进入直肠，也不能引起便意及排便动作。此种情况见于长期服用泻药、工作过度紧张而忽视便意、甲状旁腺功能亢进时。高血钙亦可使结肠应激性减退。
⑦其他疾病因素：某些溃疡病、胃癌、心肺疾病(如肺源性心脏病)患者亦易发生便秘。广州医学院第二附属医院呼吸内科报道，57.2%肺心病代偿期患者、68.4%失代偿期患者的大便秘结不畅，可能与右心功能衰竭及呼吸功能衰竭时消化道淤血、缺氧，以及患者卧床、缺少活动有关。
(3)不合理的饮食习惯、生活习惯和排便习惯等。
①不合理的饮食习惯
②不合理的排便习惯
③缺少运动
④滥用泻药或长期服用泻药
