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为积极稳妥推进国家基本药物制度，指导基层医务人员合理使用基本药物，卫生部、国家中医药管理局2009年12月30日联合印发《国家基本药物临床应用指南(基层部分)》和《国家基本药物处方集(基层部分)》。
根据国家基本药物制度，我国政府举办的基层医疗卫生机构要全部配备和使用基本药物，其他各类医疗机构也必须按规定优先使用基本药物。基本药物全部纳入基本医疗保障药品目录，报销比例明显高于非基本药物。
2009年8月18日，国务院深化医药卫生体制改革领导小组办公室召开会议，正式启动和部署国家基本药物制度建设工作，《国家基本药物目录(基层医疗卫生机构配备使用部分)》(2009版)也于同一天公布。
《国家基本药物目录(基层医疗卫生机构配备使用部分)》(2009版)共分为四部分：第一部分是化学药品和生物制品，第二部分是中成药，第三部分是中药饮片，最后一部分是有关说明。
