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黄连素是中成药，其真正的学名叫做“盐酸小檗碱”，是从黄连、黄檗中提炼出来的一种抗菌性生物碱。黄连素能对抗病原微生物，对多种细菌如痢疾杆菌、结核杆菌、肺炎球菌、伤寒杆菌及白喉杆菌等都有抑制作用，其中对痢疾杆菌作用最强，常用来治疗细菌性胃肠炎、痢疾等消化道疾病。
在两年多前，国家药监局曾公布了一批停用的药品，其中包括复方黄连素片和复方黄连素注射液，有媒体误报黄连素已停用，引起了很大的误会。所谓的“复方黄连素”，是按照地方标准生产的药物，此次停用是因为“质量不可控”，该药与我们常说的黄连素是完全不同的药物。黄连素仍收录于国家基本药品目录，使用非常安全。
由于黄连素治疗腹泻效果显著，而且价格相对便宜、服用简单、携带方便。所以，几乎家家户户备有此药，无论出差还是旅游，黄连素更是人们的必备药物之一。虽然黄连素是良药，但不可乱用，应正确选用。首先，对于全身性感染疾病，不适宜选择黄连素，因为它口服吸收极差，几乎停留在胃肠道，不易透过胃肠道进入血液，所以只适合胃肠消化道炎症性疾病。
其次，腹泻的原因很多，总体可分感染性腹泻，多呈急性腹泻;非感染性腹泻，多呈慢性腹泻。由上面对黄连素药理作用的介绍可知，黄连素只适用于感染性腹泻。胃肠感染表现可轻可重，轻者仅腹痛、腹泻，重者会有恶心、呕吐、发热寒战、食欲不振，严重时导致脱水、酸中毒、休克。一般而言，对轻型炎症可以选用黄连素，对于重型则必须合用抗感染作用强的抗生素。
而慢性非感染性腹泻的病因复杂，肠易激综合征、溃疡性结肠炎、营养不良、内分泌疾病、肝硬化、尿毒症、过敏性疾病、癌症等，都可以导致慢性腹泻。对非感染性的腹泻、腹痛，黄连素是毫无作用的。像常见的过敏性荨麻疹胃肠型，如果不采取解除过敏综合治疗，仅用黄连素是控制不了腹泻的。
其外，对于服用量也有一定的限制。“是药三分毒”，口服黄连素后也可能会产生恶心、呕吐、皮疹和药物热等不良反应。而且，由于黄连素具有一定的固涩止泻作用，有的人在服用黄连素之后腹泻可能是止住了，但继之又发生了便秘。
