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非琳菌性尿道炎潜伏期多数病人潜伏期为1—3周。。传染源是病人，通过与病人性接触而发生尿道炎、宫颈炎。患沙眼衣原体感染的母亲，也可经产道传染给婴儿，引起眼结膜炎、肺炎、鼻炎、中耳炎和女婴的阴道炎。
非淋菌性尿道炎多发生于年轻人。25岁以下的占60%。衣原体感染与性伙伴数密切相关，性伙伴数越多，发病率越高。在性乱人群中(卖淫妇女)，衣原体感染率高达30%左右。
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