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由于至今对慢性溃疡性结肠炎的病因尚不明了，治疗手段与疗效尚有限，所以溃疡性结肠炎不易彻底治愈，但有的患者经治疗后症状可长期缓解。
慢性溃疡性结肠炎酌预后好坏取决于疾病的轻重、有无并发症和治疗条件。一般轻症患者须后良好，治疗缓解率达80%。90%，且部分患者可长期缓解;重症患者治疗缓解率约为50%;少数暴发型者病情凶险，死亡率较高，甚至可达35%左右，但治疗后往往也有好转可能。并发急性结肠扩张时预后特别差，死亡率高达25%左右;助岁以下或60岁以上者病情较重，死亡率较高;病程漫长、病变广泛的活动性病例有并发结肠癌的危险，且患病时间越长，癌变的概率越高。
总之，溃疡性结肠炎虽病程漫长，有多次缓解和复发，不容易彻底治愈，但大部分患者预后良好。
