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在临床，对便秘分类有不同的方法，因此首先注重按病因分类，只有明确了便秘的原因，才能正确指导便秘的治疗。
便秘按病理分类
功能性病秘：
1.单纯性便秘，此类因为进食量过少、过精细和排便习惯受扰、滥用泻药等因素引起。
2.肠道易激综合征，则由胃肠道平滑肌的运动障碍所致。
器质性便秘：
是指体内某些实质性器官发生病理改变而导致粪便通过障碍形成的便秘。如：
1.巾直肠和肛门病变：直肠炎、痔疮、肛裂等;
2.结肠病变：良性肿瘤、肠梗阻、结肠憩室炎，特异性与非特异性炎症(肠结核、阿木巴肠病、克隆病、溃汤性结肠炎等)。
3.肌力减退：肠壁平滑肌、肛提肌、腹壁肌无力、慢性肺气肿、严重营养不良、多次妊娠、全身衰竭、肠麻痹等，由于肌力减退而排便困难。
4.内分泌、代谢疾病、糖尿病、尿崩症、甲退等。
5.药物和化学品：咖啡、抗忧郁药、次碳酸铋及氢氧化铝等。
6.神经系统疾病：截瘫、多发性神经根炎等。
便秘按病因分类
1.原发性便秘：因为进食、生活习惯、药物、结肠运动功能障碍等一些功能性障碍便秘范围。
2.继发性便秘：则是继发于其他疾病，如肛裂、肛周脓肿、腹腔及盆腔肿瘤、结肠良、恶性肿瘤、各种原因导致的肠梗阻、肠粘连，某些全身疾病，总之，继发性便秘是由疾病原因引起的便秘。
按发病时间长短分类
1.慢性便秘：是指便秘持续时间长达一个月至半年以上者，又分三今基本类型：慢性输型、出口梗阻型和两者兼备的混合型。
2.急性便秘：是低于一个月内并且便秘症状间断出现的。
按严重程度分类：
1.轻度便秘：症状轻，不影响生活，经一般的处理既能好转，不需要药物治疗或稍微用些药物就能解除的便秘
2.重度便秘：指便秘症状持续，病人异常痛苦，严重影响生活，不能停药或治疗无效。
3.中度便秘：则界于以上两者之间。
通常所谓的难治性便秘多为重度便秘，可见于出口梗阻型便秘、结肠无力及重度便秘型肠易激综合征等。
