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肠易激综合征的成因尚未完全明了，目前认为肠植物神经功能失调是本病发生的基础。在此基础上，加之食品、药物和精神方面的刺激而发病。
(1)精神因素的影响;因本病患者症状的发作和加剧与情绪密切相关，患者常有紧张、焦虑、抑郁、疑病或瘾病等表现，据此推测其原因为精神状态的改变影响了植物神经功能，引起结肠运动及分泌功能失调。结肠压力描记显示情绪波动时可以有结肠运动图形的变化，表明精神因素确可导致结肠运动紊乱而发生症状。据日本高野正博调查发现，扬易激综合征患者大多留心细小事物，责任感强，白寻烦恼者多，内向性格者占压倒多数。
但是，患者并无特定性格或神经精神失调所固有的表现，加之症状持续时间往往较应激时间为长，因此，精神因素确切的致病机理及影响途径尚待进一步阐明。
(2)饮食因素：饮食不当或饮食习惯的改变可诱发本病.如饮食生冷、辛统等。据报告，因饮食不当诱发的肠易激综合征约占11.3%。有些肠易激综合征患者食用高纤维饮食治疗后症状明显改善.结肠运动活力亦有相应的变化，尤以便秘者为著。英国统计约90%的胃肠专科医师用高纤维饮食治疗肠易激综合征。
(3)感染因素：本病不属于感染性疾病，但在肠道感染后易诱发结肠功能紊乱。微生物或寄生虫所致感染性肠道炎症也能改变结肠的反应性，诱发或加重肠易激综合征。尤其是患痢疾之后，本病的发病率明显增高，可能是肠道感染改变了结肠的反应性所致。
(4)遗传因素：很多患者从童年开始即患病，有的患者从青春期开始患病。在同一家族或家庭中可有多人患病，因此，推测本病可能与遗传有关。
(5)其他因素：有些疾病如甲状腺功能减退、类癌、糖尿病等可引起肠易激综合征。服泻药、灌肠等也易诱发本病。
