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肛瘘一般由内口、瘘管和外口三部分组成。
(1)内口：即肛瘘与肛管直肠相通的地方。内口一般只有1个，少数可有2个或2个以上。
(2)瘘管：瘘管是连接内口和外口之间的管道。管道长且分支多时，往往把主要的、直行的、直接与原发内口相连的管道称为主管，而把离内口较远的分支管道称为支管。一船肛瘘管壁由非特异性炎性肉芽组织构成，壁外层有大量纤维组织，瘘管组织内有时可见异物。
(3)外口：外口是瘘管通向肛周皮肤的开口。有的肛瘘可以无外口，也可以有一至数个外口。
但并非所有的肛瘘都有内口、瘘管和外口。有的肛瘘内口不通，被称之为“内盲瘘”，有的肛瘘无外口，被称之为“外盲瘘”。
