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衣原体与细菌非常相似，它寄生在细胞内，婴幼儿期可引起结膜炎和肺炎，由于检出率不断提高，已成为新生儿眼结膜炎的重要病因之一。
感染多因患儿父亲患有衣原体尿道炎，使患儿母亲发生宫颈炎，但父母多无症状，准妈妈常有羊膜早破史，羊水会被污染，胎儿在宫内可被感染，或胎儿经过阴道分娩时被感染。
衣原体结膜炎的潜伏期5～14天，比细菌性结膜炎发病稍晚，在生后5～14天结膜充血，出现脓性黏液分泌物，经数周或数月自行消散，结膜不留疤痕也不累及角膜。
