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引起细菌性结膜炎的细菌以前以淋球菌多见，而现在以金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、链球菌和大肠杆菌也不少见。
细菌感染的来源，淋球菌与衣原体相同，主要来自父母，其他细菌可在胎儿经阴道分娩时感染，但大部分是由于接触婴儿的人(如父母和医务人员)手被细菌污染所造成。
细菌感染的潜伏期约为12～48小时，所以发病较早，在生后2～3天症状较重，眼睑浮肿、结膜充血、分泌物为脓性。炎症可累及角膜，甚至造成角膜溃疡、穿孔。
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