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虽然，从大量的临床资料来看，多数肛瘘是不会癌变的。但不可否认，仍有少数肛瘘病人可发展为恶性病变，特别是近年来，有关肛瘘10年以上恶变为癌的报道逐年增多。其导致癌变的原因，大致有以下3个方面：
①长期的慢性炎症刺激。炎症的长期存在，使得脓性分泌物及粪便从瘘管排出，从而刺激组织细胞异常增生，导致恶性病变。
②细菌感染。细菌长期存在于瘘管内，特别是绿脓杆菌或结核杆菌感染，可缠绵不愈，从而导致癌变。
③药物刺激。长期、大量使用各种局部外用药，经常刺激局部，导致癌变。
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