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良性卵巢畸胎瘤是可以恶变的。恶变率在1%一3%，多发生在绝经后妇女。此种肿瘤恶变发生在良性卵巢畸胎瘤的成熟成分里，因此和末成熟卵巢瞒胎瘤不同，后者总是发生于儿童和年轻妇女，并由于含有未成熟组织而表现为恶性的改变。
除了偶然出现腹水外，早期病变的表现和良性肿瘤并无差异，一些患者有盆腔包块存在多年后突然长大的历史。晚期患者可出现恶病质，约2/3的患者诊断前已经扩散或远处转移。
大体标本类似于通常较大些的囊性卵巢畸胎瘤，当切开肿瘤，可见乳头结节或息肉样团块自囊壁向囊腔内生长，质硬伴有出血或坏死。有时仅见囊壁有局部增厚或形成斑块。所以手术时如果发现囊肿与邻近盆腔组织有广泛粘连，应警惕有恶变酌可能性。
由于卵巢畸胎瘤内含多种组织，因此可以有多种不同恶性类型，并可以累及多个胚层组织。其中以鳞状上皮细胞癌为最多见。其它恶变肿瘤有类癌、卵巢甲状腺癌、腺癌、平滑肌肉瘤、骨肉瘤及支气管癌等。
直接蔓延是肿瘤扩散的主要方式，侣见经淋巴转移至区域淋巴结，晚期可经血流远处转移至骨。治疗应选择全子宫及双侧附件切除及术后放疗或化疗。决定预后的因素除临床期别和类型外，肿瘤是否穿破囊壁是关键因素。在无破裂的I期鳞癌，5年存活率可以高达65%，而一旦破裂或有转移，则5年存活率明显下降，患腺癌或肉瘤的病例则很少有存活。
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