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1.腹腔内微环境因素 腹腔液与子宫内膜异位症病灶以及内生殖器官直接接触，其量和所含的细胞成分及生物活性因子构成了腹腔内微环境，与输卵管的运动密切相关。多数文献报道提出，子宫内膜异位症患者的腹水中所含异常物质可致不孕;腹水可引起输卵管拾卵障碍;腹腔液能使精于活动力减低，腹水中巨噬细胞增加，吞噬精子的作用亢进。腹水所含的大量前列腺隶类物质，此外，腹水中的细胞因子，特别是白细胞介素，被认为可能对受精、卵细胞分裂有重要影响。
2.卵巢功能异常 子宫内膜异位症患者常伴有排卵功能障碍，推测腹腔液中的前列腺索含量升高影响卵泡的生长和排卵。
黄体功能不足也是子宫内膜异位症患者不孕的原因之一，这可能与子宫内膜异位症患者合并催乳素升高有关，催乳素有对抗促性腺激素的作用，抑制促卵泡生成素的分泌，而促卵泡生成家分泌减少可导致卵巢内促黄体生成素受体形成减少，致使卵巢对促黄体生成素不敏感，使黄体功能不全而影响受孕。
黄素化未破裂卵泡综合征是另一种类型的排卵功能障碍，此病症为卵泡发育成熟且卵泡细胞出现黄素化，患者基础体温双相，子宫内膜呈分泌期改变，但成熟的卵子不能排出，无受孕可能。发生机制可能是催乳素升高，抑制促性腺激素分泌，LH峰值降低，影响排卵而直接黄素化。
3.免疫功能异常
