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乙型肝炎病毒对肝脏的损害不是由病毒本身所致，而是—由免疫机制造成。免疫反应剧烈者发生黄疽型肝炎，重者甚至发生暴发型肝炎。免疫反应轻者发生无黄疽型肝炎，或亚临床型肝炎，或发生慢性携带状态。急性肝炎除对症治疗外，尚无特效药物可以杀死和消除病毒。抗病毒药物干扰素、时糖脉苦有抑制乙型肝炎病毒的增殖，使DNA多聚酶转为阴性，抗原阳性转为t抗体阴性，对抗原阳性的慢性乙型肝炎似有一定疗效，但停药后不久其血清指标又恢复原状。
这两种药物都具有很强的副作用，如于扰素有高热、寒战、低血压、恶心、腹泻、肌痛、头痛和乏力，还可能出现颗粒白细胞减少症，血小板减少等。阿糖腺苦有食欲不振、恶心、乏力、呕吐、腹泻和可逆性骨磕抑制以及神经肌肉痛综合征等副作用，因此，有的病人不能坚持治疗。在慢性携带者的肝细胞中大多已有乙型肝炎病毒基因整合在内。干扰素和阿糖腺苦虽能抑制乙型肝炎病毒的增殖，但不能使整合在肝细胞中的乙型肝炎病毒基因消除，从而也就不能解除慢性携带者演变成肝细胞癌的危险性。 免疫疗法，如乙肝特异免疫球蛋白仅能使血清中乙肝及面抗原滴度暂时性下降，但无疗效。
中草药如肝炎灵和朝阳丹，经临床观察认为，对改善肝功能和消除乙肝病毒感染有可喜苗头，可能为乙肝的治疗开拓一条新途径。
