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要根治生殖器疤疹，关键在于彻底清除潜伏在神经根中的病毒。许多临床医生和科学家正在寻求各种方法，但实现这一目标的路还很长。对于生殖器疤疹的治疗，目前还有很多问题没有解决，主要问题是还不能彻底清除病毒，阻止疾病的复发。目前治疗分一般性治疗、抗病毒治疗及中医中药治疗。一般性治疗事实上是对症治疗，而抗病毒治疗是对因治疗，中医中药治疗多通过辨证施治，标本兼治，阻止复发。
(1)一般疗法：即对症治疗。主要是保持局部清洁、干燥及疤壁完整。可每天用等渗生理盐水清洗;并发细茵感染者，可外用抗生素药膏;局部疼痛明显者，可用5%盐酸利多卡因软膏或口服止痛药;精神安慰，说明复发的原因和如何治疗及处理;女性复发性生殖器疤疹须做妇科检查，以除外子宫颈癌。
(2)抗病毒药治疗：可在医生指导下选用阿昔洛韦(无环鸟首)、利巴韦林(三氮陛核首)、万乃洛韦、泛昔洛韦及免疫制剂等治疗。
(3)中医中药治疗：中医治疗主要是根据症状、体征，结合舌象脉象，辨证施治，一般将本病分为湿热下注、毒热蕴结、肾气不足三型，分别给予不同的治疗方法。
