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早期诊断和及时治疗固然是决定大肠癌预后的基础，然而以下一些因素也是极为重要的。 一般说来，大肠癌的手术治疗效果颇佳，相对其他部位的大肠癌而言，直肠癌的5年生存率较低，次为横结肠和左侧结肠癌，最高的是右侧结肠癌，直肠癌的死亡率约为右侧结肠癌的1.5倍。为什么会这样呢?原因是直肠周围有丰富的淋巴及血液循环，容易发生扩散或转移，加之直肠位于盆腔深部，彻底手术有时比较困难。而有半侧结肠和横结肠部位较浅，呈游离状态，容易早期发现及彻底切除，因而预后较好。
一般认为肿瘤小于2厘米者预后较好，5年生存率高达73%左右;肿瘤大于2厘米者，5年生存率仅50%左右。肿瘤大者大多存在时间较长，有更多的扩散、转移机会。 大肠癌的肉服形态大致可分为隆起型、溃疡型和浸润型三种，隆起型的预后远比其他两种类型好。肿瘤组织学类型和分化程度与预后更有密切的相关性，国内资料报告，高分化组(高分化腺癌、乳头状腺癌)预后良好，5年生存率达70.3%;中分化组(中度分化腺癌、粘液腺癌)次之，5年生存率为49.6%;低分化组最差，5年生存率仅为26.6%。
有人观察3122例大肠癌患者手术后5年生存率，发现癌灶局限于粘膜内者为96.7%;侵犯粘膜下层者为88.9%;侵犯肠壁内环肌层者为79.1%;侵犯肠壁外纵肌层者为67.8%;侵犯浆膜层者为43.9%，突破浆膜层者为33.5%;癌灶附近淋巴结有转移者仅21.7%。即肿瘤自肠腔内壁向外浸润度越深，预后越不良;淋巴结已有转移者较未转移者5年生存率降低。浸润深度和淋巴结有无转移是决定大肠癌预后的一个重要指标。
2年及5年的近期生存率，男女大致相近，而10年远期生存率则女性预后较好。此外，年龄越大的结、直肠癌患者，其预后越好，复发率也随年龄增长而减少。青年人的结、直肠癌发病率虽较低，但一旦发生预后甚差。其原因主要是由于青年人癌肿的分化程度低，转移较快，再加上症状常不典型，容易误诊，治疗时病程多不属早期。 结、直肠癌一般虽说预后比较良好，但如果治疗措施不当，也易复发和扩散，手术时必须充分重视癌细胞的医源性扩散。分化不良，浸润较深，有淋巴转移的病人必须术后配合化疗、放疗或免疫疗法，以便进一步消除残存的癌细胞。现认为合适的综合治疗措施是决定大肠癌预后的关键因素之一。
此外，手术后的结、直肠癌病人，尤其是较晚期的病人，应该定期做纤维结肠镜检查随访，一旦发现病灶，应及时再行切除，这样可使5年生存率提高30%以上。同时经常测定癌胚抗原(CEA)和B超检测也很有必要。
