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小儿慢性腹泻不是一个独立的疾病，而是一种常见的症状，可以由许多疾病引起、常见原因如下：
(1)分泌功能障碍：肠粘膜以分泌和吸收两种功能调节体液的平衡。肠道炎症可产生病理性分泌而引起腹泻，如细菌性痢疾、肠结核、局限性肠炎和溃疡性结肠炎等。
(2)消化吸收功能陈碍：当消化功能障碍时，食物在胃肠道不能消化吸收，肠道内容物呈高渗状态，吸收多量的水分导致肠内容物水分增多，最后引起腹泻。如慢性胰腺炎、肠道乳糖酶缺乏等。肠粘膜本身的疾病如小儿乳糜泻，也可因吸收能力减退而引起腹泻。
(3)运动功能紊乱：肠道感染及植物神经功能失调，使肠蠕动加快，从而导致腹泻。
