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北京大学深圳医院原名“深圳市中心医院”，医院于1999年底建成开业，2001年9月，深圳市政府与北京大学合作，医院更名为“北京大学深圳医院”和“北京大学深圳临床医学院”，纳入北京大学附属医院管理体系。
深圳北大医院妇产科是深圳市卫生系统重点发展与建设的学科之一, 也是北京大学、汕头大学医学院临床硕士研究生培养点。自1999年建科以来，该科逐步发展成为集医疗、教学、科研、护理为一体的学科。全科现有医生60余人、其中博士3人, 硕士10余人，副主任医师以上专家20余人。
妇 科：设宫颈病变、妇科内分泌、妇科肿瘤、妇科微创、妇科生殖道感染等特色专科门诊。妇科肿瘤采用包括手术、化疗、介入和放疗等单一或综合治疗手段。妇科微创为卫生部妇产科腔镜培训基地，应用腹腔镜、宫腔镜和阴道镜等妇科内窥镜诊治各类妇科疾病如子宫内膜异位症、多囊卵巢、生殖系统畸形、女性盆底疾病的诊治。
产 科：具有产前诊断、危重孕产妇抢救、疑难病症诊断治疗等综合能力。产科门诊开展了远程监护、超声诊断、围产保健、产前检查、高危妊娠监测、优生优育咨询、细胞遗传、母乳喂养宣教等业务。
计划生育科：长期开展女性不孕症内分泌及微创手术治疗，治疗各种计划生育疑难杂症及女性节育术后并发症，开展腹腔镜输卵管成型术、显微外科输卵管吻合术、腔镜下输卵管吻合术等。
