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先天因素:先天性无括约肌、肛管直肠环发育不完全及脊柱裂、脊髓脊膜膨出等。
后天因素:(1)手术损伤因素:肛门直肠手术作为普通外科的一部分，虽然手术范围相对较小、风险相对较低，但若手术操作不当则会引起不可逆损伤，给患者生理及心理上造成极大痛苦。如高位肛周脓肿、高位肛痰等因局部解剖不清楚，手术粗暴而切断肛管直肠环，或切除周围组织与皮肤过多，愈合后形成较深的瘫痕沟，致肛门闭合不严，都可使肛门失去括约功能;痔疮手术若注射刺激性强的药物，如坏死剂、硬化剂，注射浓度过大、药液过于集中、部位过深，或采取痔疮涂药治疗，涂抹腐蚀性强的药物，均可造成肛门直肠局部广泛感染或大面积深度烧灼，引起粘膜硬化、坏死或肛管直肠环瘫痕化而导致不同程度大便失禁;肛裂采取麻醉下扩肛疗法，若过度强烈扩肛引起肛管直肠环突然断裂，或分娩时三度会阴撕裂，均可引起括约肌失去灵敏括约能力，产生大便失禁;另外，长期重度脱肛或内痔脱出，使括约肌疲劳，张力性降低，肛门松弛导致大便失禁。(2)神经损伤因素:胸、腰椎断压截瘫或手术及其他病变引起骸神经或阴部神经损伤，使肌肉失去神经支配，括约肌不能正常收缩;中风、突然惊吓亦可引起暂时性大便失禁。
中医认为大便失禁是由于气血衰退，中气不足，气虚下陷，肛门不能收摄，或“外伤”、“失治”所致。
