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泌尿系结石形成后影响到肾功能，最常见的是结石造成尿流梗阻，尿液积存在肾盂肾盏内。轻度肾积水时，肾脏功能可保持正常;如果肾积水不断加重，这一侧肾脏受压迫会发生萎缩，肾功能也受到损害。到最后肾脏组织变成薄薄的一层膜，里面充满大量积存的尿液，好像一个水囊，这时候这个肾脏功能已经完全丧失。有时肾结石滑落到输尿管里造成突然梗阻不能及时解除时，梗阻一侧的肾功能会很快受到损害。
另外，肾结石容易引起和伴发感染。如果同时伴有尿液排出不畅，肾组织很快发生化脓，该侧肾功能将迅速恶化。极少数肾结石病人可并发肾盂癌，直接危害到病人生命。
当然，患肾结石是否会影响肾功能应根据肾结石大小、位置、数量、结石是否造成尿路梗阻、是单侧肾结石还是双侧肾结石等情况来综合考虑。单侧肾脏发生结石并造成肾功能下降时，另一侧好的肾脏仍能发挥正常功能，因此病人只作血液化验，结果往往是正常的。肾结石病人应当定期复查结石情况，了解造成梗阻的程度，当双侧都有梗阻时，更要采取积极措旋，以免造成难以逆转的肾功能损害。
