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大豆异黄酮在分子结构上与雌激素相似。因此，它能与身体各系统、器官组织细胞表面的雌激素受体结合，发挥效应。与其他调节女性内分泌的药物相比，大豆异黄酮的独特之处在于具有雌激素双向调节作用和作用温和两个特点，还有抗癌、预防动脉硬化、改善骨质疏松等作用。
它能有效预防或缓解更年期女性因雌激素减少引起的症状，如血脂异常、骨质疏松、记忆力减退、更年期潮热等。所以，进入更年期的女性适当补充大豆异黄酮，有助于顺利度过更年期，改善生活质量。另外，卵巢切除的女性以及骨质疏松患者在配合临床治疗的前提下，也可以适当补充大豆异黄酮，但一定要在医生的指导下进行。
但是对于幼女、孕妇和乳母不宜补充大豆异黄酮。因为大豆异黄酮在体内变现为雌激素活性，因此可以促使幼女性早熟。而且，大豆异黄酮可以通过胎盘进入胎儿体内，通过乳汁进入婴儿体内。因此，这类人不宜使用。
