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海南省农垦三亚医院全院编制床位664张，设有临床科室27个，医技科室13个，有儿童发育行为中心、健康体检中心，特诊VIP室、涉外医疗服务部，门诊部设26个专科诊室，24小时开放急诊。
心内科
建科于1989年，迄今已发展至拥有78张病床(包括二个普通病区、CCU病区及心导管室)的专业科室，是海南省南半部规模最大、实力最雄厚的心血管专科，我科目前共有医师14名，其中高级职称4名，中级职称5名，博士2名、硕士6名，科室每年收治住院病人超过2000人次，门诊人数超过20000人次，在海南省南半部地区深受广大患者好评。
心内科拥有最先进的心血管疾病诊治的仪器与设备如：大型数字血管造影机、心脏射频消融仪、全数字化多道生理记录仪、主动脉球囊反搏仪、活动平板机、食道调搏仪、双相除颤仪、有创呼吸机、动态心电图检测仪、动态血压仪等。
骨科
目前已拥有稳定的医疗及护理专业技术队伍，医护人员共49人，医生16人和护士23人，其中主任医师4人，副主任医师4人，中级职称5人，初级职称3人，硕士研究生3人，科室主任为中华医学会海南分会骨科专业委员会副主任委员、教授、主任医师、留日学者。
骨科有先进的骨科设备、配套齐全的骨科器材。从日本引进的先进的关节镜，对大至膝关节、小至踝关节都进行诊疗。拥有当今先进的骨科器械，仅不同型号的进口、国产骨钻、骨磨有五套之多，内固定器械更是配套齐全，各种规格、型号的内固定钢板应有尽有，各种大小型号的人工关节齐全，完全可以满足手术治疗的需要。
心胸外科
心胸外科成立于1985年，经全科几代人的努力，现已发展为海南省重点专业特色学科，是海南省琼南地区唯一的胸心外科专业科室。是以医疗、教学、科研为一体的综合性科室。包括心血管外科及普胸外科两个专业。科室现有床位38张，是省内拥有较高的医疗技术水平、先进医疗装备的现代化科室。人才结构合理，是一支富有丰富临床经验、技术过硬的医疗、科研、教学团队。专业技术人员9人：主任医师1名，副主任医师2名，主治医师1名，住院医师5名，专业硕士生2名。拥有先进的进口手术器械和设备，包括进口呼吸机、体外循环机、胸腔镜、心脏彩超、多功能监护仪、血气电解质分析仪、除颤器、起搏器、主动脉内球囊反搏(IABP)、微量输液泵等先进仪器设备以及心胸外科重症监护病房(ICU)等。在开展临床大量临床医疗、教学、科研的同时，保持与国内学术间的交流，互通有无，先后与国内多家著名大医院：北京阜外医院、上海复旦大学附属中山医院、广州中山医科大学附属医院、哈尔滨医科大学附属第一医院等保持密切合作关系。
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