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内蒙古妇幼保健院是自治区唯一一家集妇女儿童保健、医疗、科研、教学、培训于一体的三级甲等妇幼保健医疗机构，是内蒙古医学院和包头医学院临床教学医院和硕士研究生培养基地，同时也是世界卫生组织、联合国儿童基金会、联合国人口基金会项目合作单位。
内蒙古自治区产前诊断中心
产前诊断又称出生前诊断或宫内诊断，和普通的产科检查是截然不同的。产前诊断是指在胎儿出生前应用各种方法了解胎儿的外表结构、对胎儿的染色体进行核型分析、检测胎儿细胞的生化成分或对其进行基因分析。从而对某些胎儿先天性畸形或遗传性疾病及时作出诊断，防止具有严重遗传病、智力障碍以及先天畸形胎儿的出生。
新生儿科
新生儿科是自治区临床医学重点学科，经过二十多年的建设，已发展成为具有自治区新生儿急救中心、新生儿重症监护室(NICU)、新生儿病房和生理新生儿三部分组成的专业体系，已成为国内设备及条件先进的新生儿病区和NICU之一。同时设有自治区新生儿急救中心。
儿内科
儿内科是医院的重点科室，拥有一流的人才队伍和先进的仪器设备。门诊设有规模较大的输液室，护士扎针技术好，一针成功率90%以上。科室配有24小动态脑电图、视频脑电监测、6岁以上肺功能测定仪、0-3岁小儿潮气肺功能测定仪、24小时动态心电图，日平均门诊量为150-200人次，主要诊治小儿各种常见病及多发病。
内科
内科正式开放床位27张，医师11名，护士13名，其中正教授1名，正主任医师4名，副主任医师1名，主治医师3名，住院医师2名，硕士生导师1名。
内科是临床大内科，对所以成人男女的内科常见病，多发病均治疗。在内分泌，心血管，神经内科，呼吸科疾病治疗方面较突出。
