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西医学认为，手足口病病毒感染所致。主要病原为C-A16病毒(柯萨奇病毒)和E71病毒(肠道病毒)。也可由A5、A10等病毒引起流行。本病主要通过唾液飞沫传染，也可通过手、物品为媒介经口传染。病毒由呼吸道或口腔至消化道侵入局部黏膜，在该处上皮细胞以及口因部或肠壁淋巴组织居留和增殖，可由此从口咽分泌物或粪便中排出，并可由原发病灶经淋巴通道扩散至局部淋巴结以及经血循环带至其他器官如皮肤黏膜等，在该处增殖引起相应的临床表现。
